Балтийский филиал в Калининграде существовал с 2020 года и был самым западным представительством ГМИИ им. А. С. Пушкина. Филиал специализировался на современном искусстве (новые медиа, видео-, сайнс- и саунд арт), а также на деятельности, связанной с осмыслением наследия территории, преобразованием и эстетизацией городского пространства. Институциональный архив Балтийского филиала ГМИИ им. А. С. Пушкина составляют документы выставок, фестивалей, научно просветительской программы; фотографии, аудиовизуальные коллекции. Таким образом, в основу формирования архива заложен проектный принцип, базирующийся на текущей деятельности.
В архив вошли материалы крупнейших проектов: ежегодного фестиваля саунд арта и экспериментальной музыки Sound Around Kaliningrad, научно просветительской программы «Искусство и наука: ХХ век в деталях» и др.
Продолжением издательской деятельности филиала стало создание уже третьего альтернативного арт гида по Калининграду «Казарма Кронпринц. История квартала» (составители Илья Дементьев, Елена Цветаева, 2021). Основной целью исследования было определить роль квартала, в котором располагается оборонительная казарма Кронпринц, в истории Кёнигсберга/Калининграда. Это архитектурный комплекс — памятник истории и культуры XIX века федерального значения — находился в фокусе внимания филиала на протяжении многих лет в связи с идеей создания там музея современного искусства.
Новым форматом для филиала стала реализация и документация уличного променад спектакля «Маршрутами Кронпринца» (2021) — коллективной прогулки с элементами театрального действия.
Годовая научно просветительская программа «Искусство и наука: ХХ век в деталях» (2021–2022) была посвящена исследованию и анализу опыта творческого взаимодействия художников, ученых и инженеров в XX столетии. Лекции ведущих отечественных специалистов в области искусства, философии и культурологии и мастер-классы известных российских медиахудожников представили взгляд на историю технокультуры с точки зрения археологии новых медиа.
Работа Балтийского филиала ГМИИ им. А.С. Пушкина была завершена в 2025 году.